Trong các tác phẩm võ hiệp Kim Dung, Hoàng Dược Sư là một trong những người sáng tạo nhiều tuyệt kỹ uy trấn giang hồ nhất. Các tuyệt kỹ của ông có thể kể đến như:

• Bích ba chưởng pháp: Đây là võ công nhập môn của đảo Đào Hoa, giống như La Hán quyền của phái Thiếu Lâm.
• Phách không chưởng: Khi đứng cách địch thủ một khoảng cách nhất định có thể phóng chưởng lực ra đả thương người khác. Muốn luyện môn này thì phải lấy hai tay ngâm trong nước thuốc rồi sau đó đánh vào miếng sắt hình bát quái.
• Đạn Chỉ thần thông: Dùng 1 hòn sỏi nhỏ, lấy ngón cái và ngón trỏ bắn đi, thủ pháp rất nhanh,uy lực rất ghê gớm. Tuyệt kỹ này đã giúp Hoàng Dược Sư hóa giải nhiều tình huống nguy cấp ở khoảng cách xa.
• Lạc Anh kiếm pháp: Thực sự, Hoàng Dược Sư không sáng tạo ra tuyệt kỹ kiếm pháp này, mà nó là một bộ kiếm pháp của một môn phái trước kia ông theo học (phái Thanh Hải). Sau khi rời khỏi môn phái vì một biến cố, Hoàng Dược Sư đã sửa đổi kiếm pháp này thành một tuyệt kỹ lừng danh thiên hạ. Người tập Lạc Anh thần kiếm phải tập ở dưới gốc cây đào với hoa đào rụng. Điều đó đã tạo nên một Lạc Anh thần kiếm cực kỳ uyển chuyển, lợi hại và không kém phần hoa mỹ.
• Đào Hoa Lạc Anh chưởng: Hoàng Dược Sư diễn giải bộ chưởng pháp này từ kiếm pháp. Khi ra chiêu thì giống như tấn công từ bốn phương tám hướng, nơi đâu cũng thấy chưởng ảnh làm địch khó phòng bị.
• Ngọc Tiêu kiếm pháp: Hoàng Dược Sư thường hay xuất hiện với một cây tiêu trên tay. Cây tiêu tưởng chừng như vô hại, chỉ thổi để phục vụ cho mục đích giải trí nhưng trong tay Hoàng Dược Sư, cây tiêu lại trở thành một vũ khí sát thương lợi hại không thua gì đao kiếm.
• Bích hải triều sinh khúc: Đây là một môn đấu nội công của Hoàng Dược Sư. Cũng với cây tiêu, Hoàng Dược Sư dùng nội công để thổi vào đó những đoạn nhạc với tần số có uy lực khủng khiếp. Nếu không phải là người có nội công thâm hậu, ai nghe âm thanh của Bích hải triều sinh khúc sẽ gục ngã, thậm chí trọng thương.
• Lan hoa phất huyệt thủ: Môn này là một môn võ điểm huyệt, mười đầu ngón tay mô phỏng theo lá hoa lan rơi, người luyện môn này đòi hỏi phải có sự chính xác cao.
• Toàn phong tảo diệp thoái: do ông sáng tạo, là một trong cuồng phong tuyệt. Bộ pháp nhanh nổi danh thiên hạ, chiêu trước chưa qua chiêu sau đã tới, chiêu này nối chiêu kia, vòng nọ nối vòng kia. Nhân sĩ giang hồ thậm chí trêu đùa nói "Toàn Phong Tảo Diệp Thoái" chiêu sau nhanh hơn chiêu trước, thật đúng là không dừng lại được.
• Kỳ môn ngũ chuyển: Một môn bộ pháp dựa trên bát quái. Hoàng Dược Sư mất 10 năm mới sáng tạo ra.